水質(zhì)原子熒光光譜儀是研究小分子與核酸相互作用的主要手段。通過藥物與核酸相互作用，使DNA與探針鍵合的程度減小，反映在探針熒光光譜的改變，從而可以了解藥物和核酸的作用機(jī)理。
水質(zhì)原子熒光光譜儀是研究藥物與蛋白質(zhì)相互作用的常用儀器。藥物與蛋白質(zhì)相互作用后可能引起藥物自身熒光光譜和蛋白質(zhì)自身熒光(內(nèi)源熒光)光譜以及同步熒光光譜的變化，如熒光強度和偏振度的改變、新熒光峰的出現(xiàn)等，這些均可以提供藥物與蛋白質(zhì)結(jié)合的信息。
在吸收紫外和可見電磁輻射的過程中，分子受激躍遷至激發(fā)電子態(tài)，大多數(shù)分子將通過與其它分子的碰撞以熱的方式散發(fā)掉這部分能量，部分分子以光的形式放射出這部分能量，放射光的波長不同于所吸收輻射的波長。
一種過程稱作光致發(fā)光。水質(zhì)原子熒光光譜儀的分子發(fā)光包括熒光、磷光、化學(xué)發(fā)光、生物發(fā)光和散射光譜等?；诨衔锏臒晒鉁y量而建立起來的分析方法稱為分子熒光光譜法。
由光源發(fā)出的光通過切光器使其變成斷續(xù)之光，通過激發(fā)光單色器變成單色光，此光即為熒光物質(zhì)的激發(fā)光。被測的熒光物質(zhì)在激發(fā)光照射下所發(fā)出的熒光，經(jīng)過單色器變成單色熒光后照射于光電倍增管上，由其所發(fā)生的光電流經(jīng)過放大器放大輸至記錄儀。一個激發(fā)，一個發(fā)射，采用雙單色器系統(tǒng)，可分別測量激發(fā)光譜和熒光光譜。
